Sejarah Singkat Berdirinya MTs Negeri 3 Nganjuk
MTsN 3 Nganjuk berdiri pada tanggal 20 September 1964, yang berupa Lembaga Pendidikan Islam yang bernama "Madrasah Tsanawiyah Miftahul Mubtadi'in" atas rintisan Bapak H. Syarif. Awalnya Madrasah tersebut terdiri atas tiga ruang belajar dan satu ruang Tata Usaha dan hanya satu tingkatan kelas, yaitu kelas I. Pada tahun 1966 terjadi perkembangan, Madrasah yang berlokasi di Dusun Grompol, Ds. Tanjungtani, Kecamatan Prambon Nganjuk ini, telah mempunyai tiga tingkatan kelas, yaitu Kelas I, II dan III.
Pada awal berdiri tahun 1964 sampai dengan tahun 1968, MTs Miftahul Mubtadi'in dipimpin oleh Bapak Kyai Yasin Yusuf (Putera menantu Bapak H. Syarif). Perkembangan dan kemajuan yang dicapai oleh Madrasah tersebut sangat pesat, sehingga pada Tanggal 15 Juni 1968 berdasarkan SK Menteri Agama RI, Nomor : 148, Madrasah tersebut ditetapkan sebagai Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTsAIN).
Tahun 1985 Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTsAIN) pindah lokasi ke Desa Sanggrahan Kecamatan Prambon Nganjuk. Selanjutnya pada tanggal 28 Maret 1985 nama (MTsAIN) diubah menjadi Madrasah Tsnawiyah Negeri (MTsN) Tanjungtani Prambon Nganjuk.
Tahun 2017 berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 673 Tahun 2016 tanggal 17 Nopember 2016, Nama MTs Negeri Tanjungtani Prambon Nganjuk diubah namanya menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Nganjuk (MTsN 3 Nganjuk). Selanjutnya nama MTsN 3 Nganjuk di lounchingkan oleh Kepala Kementerian Agama Kabupaten Nganjuk, Drs. H. Barozi, M.Pd.I. pada tanggal 24 Mei 2017.
MTs Negeri 3 Nganjuk pada saat ini semakin menampakkan perkembangan dan kemajuan dengan ditandai penambahan sarana dan prasarana, jumlah siswa yang mencapai 30 kelas serta petugas/personil pengelola Madrasah yang semakin lengkap.
Sejak penegerian sampai sekarang, MTs. Negeri 3 Nganjuk telah mengalami beberapa kali pergantian Kepala Madrasah, sebagai berikut :
1. Mathori Basyar, tahun 1968 s.d. 1971
2. Ibnu Nasichin, BA. tahun 1971 s.d. 1975
3. Ali Shidiq, BA. tahun 1975 s.d. 1990
4. Siran, tahun 1990 s.d. 1995
5. Subari, BA. tahun 1995 s.d. 1999
6. Drs. H. Imam Syuhadi, tahun 1999 s.d. 2004
7. Hamim, S.Ag. tahun 2004 s.d. 2008
8. Drs. Moch. Nurcholis, tahun 2008 s.d. 2011
9. Drs. H.M. Fauzi, MA tahun 2011 s.d 2012
10. Sutopo, S.Ag.,M.Pd.I., tahun 2012 s.d. 2016
11. Sundosin, S.Ag., M.Pd.I. tahun 2017 s.d 2022
12. Khairul Muttaqin, S.Ag. tahun 2022 s.d 2022
13. Plt. Luqman Afif, M.Pd. tahun 2022 s.d. 2022
14. Drs. Masduki, M.Pd. tahun 2022 s.d. 2025
15. Plt. Sundosin, S.Ag., M.Pd.I. tahun 2025 s.d sekarang
Demikian sejarah singkat berdirinya MTsN 3 Nganjuk sejak pertama berlokasi di Dsn. Grompol Ds. Tanjungtani, sampai akhirnya mempunyai Gedung sendiri diJl. KH. Imam GHozali 05 Desa Sanggrahan Kecamatan Prambon Kabupaten Nganjuk.